2006年10月11日，科技部與云南省人民政府簽署了《科學(xué)技術(shù)部 云南省人民政府工作會(huì)商制度議定書（2006—2010）》，確定了“十一五”期間共同推進(jìn)云南省生物質(zhì)能源產(chǎn)業(yè)化工程、有色金屬新材料產(chǎn)業(yè)化基地、中藥現(xiàn)代化科技產(chǎn)業(yè)（云南）基地、云南花卉星火產(chǎn)業(yè)帶、云南特色動(dòng)物資源實(shí)驗(yàn)動(dòng)物產(chǎn)業(yè)化開發(fā)及共享平臺(tái)建設(shè)等五個(gè)方面的會(huì)商主題。2008年8月25日和2009年7月18日，科技部、云南省人民政府兩次召開部省會(huì)商工作會(huì)議，總結(jié)落實(shí)會(huì)商工作任務(wù)完成情況，研究會(huì)商議題，明確部省共同推進(jìn)的重點(diǎn)工作，部署工作任務(wù)，形成了科技部與云南省人民政府就重大事項(xiàng)進(jìn)行會(huì)商的有效工作制度。
　　“十一五”以來，在部省會(huì)商工作制度的推動(dòng)下，云南省生物質(zhì)能源、有色金屬新材料、生物醫(yī)藥、特色花卉等產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速，取得了顯著成效。
　　——云南生物質(zhì)能源產(chǎn)業(yè)的創(chuàng)新基礎(chǔ)進(jìn)一步增強(qiáng)。在科技部的大力支持下，云南省圍繞生物質(zhì)能源產(chǎn)業(yè)發(fā)展技術(shù)需求，建設(shè)了云南省生物質(zhì)能與環(huán)境生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、云南省沼氣工程技術(shù)研究中心等一批科技創(chuàng)新平臺(tái)，組織實(shí)施了一批重大科技項(xiàng)目，突破了一批具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的生物質(zhì)能源產(chǎn)業(yè)發(fā)展關(guān)鍵技術(shù)，培育了一批生物質(zhì)能源產(chǎn)業(yè)龍頭企業(yè)，為云南生物柴油產(chǎn)業(yè)發(fā)展奠定了重要的科技基礎(chǔ)。
　　——云南有色金屬新材料產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新能力顯著提升。在部省會(huì)商工作制度的推動(dòng)下，科技部進(jìn)一步加大了對(duì)云南省有色金屬新材料產(chǎn)業(yè)發(fā)展的支持，提升了云南有色金屬精深加工能力，延伸了產(chǎn)業(yè)鏈，提高了產(chǎn)品附加值，不斷提升了產(chǎn)業(yè)核心競(jìng)爭(zhēng)力，大力推進(jìn)了云南有色金屬新材料產(chǎn)業(yè)化基地建設(shè)。同時(shí)，推動(dòng)建設(shè)了云南省新材料制備與加工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、云南省錫材料工程技術(shù)研究中心等一批科技創(chuàng)新平臺(tái)，組織實(shí)施了一批重大科技攻關(guān)和產(chǎn)業(yè)化關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)項(xiàng)目，獲取了一批具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的有色金屬新材料制備關(guān)鍵技術(shù)。
　　——云南生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)核心競(jìng)爭(zhēng)力不斷增強(qiáng)。“十一五”期間，云南省共有23個(gè)藥品研發(fā)和中藥材種植等相關(guān)項(xiàng)目獲得國(guó)家科技支撐計(jì)劃、國(guó)家重大新藥創(chuàng)制科技重大專項(xiàng)等計(jì)劃支持，獲國(guó)家科技資金補(bǔ)助9000多萬元，成功開發(fā)了一批重大中藥、民族藥和創(chuàng)新藥物系列產(chǎn)品，先后建設(shè)了云南民族藥工程技術(shù)研究中心、云南省天然藥物化學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等一批科技創(chuàng)新平臺(tái)，30個(gè)各具特色的“云藥之鄉(xiāng)”，和文山三七、紅河燈盞花等一批中藥材種植基地及原料藥基地。2010年，云南省生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)實(shí)現(xiàn)工業(yè)總產(chǎn)值166億元，工業(yè)銷售收入154億元，利潤(rùn)20.46億元，分別比2009年增長(zhǎng)了36.6％、41％和46.6％。全省銷售收入過億元的生物醫(yī)藥企業(yè)達(dá)34戶，單品種銷售過億元的生物醫(yī)藥產(chǎn)品達(dá)31個(gè)。
　　——云南特色花卉產(chǎn)業(yè)競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)更加突出?？萍疾块L(zhǎng)期以來大力支持云南花卉產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。2006年12月，“云南花卉星火產(chǎn)業(yè)帶”獲科技部批復(fù)建設(shè)，成為國(guó)家首批星火產(chǎn)業(yè)帶之一。在科技創(chuàng)新的推動(dòng)下，“十一五”期間，云南省共育成花卉新品種100余個(gè)，其中獲得新品種權(quán)授權(quán)54個(gè)，占全國(guó)授權(quán)總數(shù)的85%以上，近50個(gè)品種通過了國(guó)家初審或?qū)嵸|(zhì)性審查，花卉新品種數(shù)和種類居全國(guó)第一。至2010年，全省花卉種植面積達(dá)63.01萬畝，花卉企業(yè)達(dá)1328家，從業(yè)人員達(dá)22.6萬人；花卉總產(chǎn)值達(dá)232億元，出口1.5億美元，農(nóng)民實(shí)現(xiàn)增收60億元；鮮切花總產(chǎn)量60.5億枝，連續(xù)17年全國(guó)排名第一，鮮切花國(guó)內(nèi)市場(chǎng)占有率超過70%，出口到46個(gè)國(guó)家和地區(qū)。云南已成為全國(guó)最重要的花卉新品種研發(fā)基地和亞洲最大的鮮切花生產(chǎn)基地。
　　科技部與云南省部省會(huì)商工作制度的有效實(shí)施，進(jìn)一步強(qiáng)化了部省科技資源集成，實(shí)現(xiàn)了部省科技資源向云南省經(jīng)濟(jì)發(fā)展重點(diǎn)領(lǐng)域和民生領(lǐng)域的有效聚集，對(duì)提升云南科技創(chuàng)新能力，加快科技成果轉(zhuǎn)化和產(chǎn)業(yè)化，培育新的經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)點(diǎn)和發(fā)展特色優(yōu)勢(shì)產(chǎn)業(yè)，促進(jìn)云南經(jīng)濟(jì)發(fā)展方式轉(zhuǎn)變和產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整起到了積極的推動(dòng)作用，形成了部省聯(lián)動(dòng)，共同推進(jìn)云南經(jīng)濟(jì)社會(huì)又好又快發(fā)展的良好局面。